Definimos a la planificación en salud basada en evidencia como una línea de investigación dirigida a la recopilación de evidencia científica mediante la investigación de los principales problemas de salud pública. Esta línea plantea contribuir a mejorar la salud mediante investigación epidemiológica con tres premisas: impacto, cobertura y  costo. Esto implica generar investigación que produzca un cambio positivo en la salud individual o colectiva (impacto), que alcance al mayor número de población (cobertura), y que sea a bajo costo para los servicios públicos y la comunidad.  

Además, esta línea pretende que los programas de salud tengan su sustento en la evidencia aportada por la investigación y socializada con la comunidad para su aceptabilidad. La planificación basada en evidencia fomenta la toma de decisiones fundamentada en la experiencia de la investigación a través de los diferentes diseños de estudios epidemiológicos.