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El Centro de Investigación de Enfermedades Tropicales (CIET), sede de la Maestría en Ciencias en Epidemiología, tiene convenios de colaboración con instituciones del sector salud como Secretaría de Salud (SSA), Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS), municipios y organizaciones no gubernamentales.

Por gestión directa se colabora con universidades y centros de investigación nacionales e internacionales como el Instituto Nacional de Salud Pública, Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición Salvador Zubirán, Centro de Investigaciones y Estudios Superiores en Antropología Social (CIESAS); Universidad Nacional Autónoma de México, Universidad Autónoma Metropolitana, Universidad Autónoma de San Luis Potosí; Universidad de Guadalajara; Universidad del Rosario, Colombia; Universidad Católica, Chile; Universidad de McGill, Canadá, Universidad de Brandeis, EEUU y Universidad de California en Berkeley, EEUU.